Pacbio文库如何加上barcode

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Pacbio文库如何加上barcode

随着测序通量不断的增加，将文库加上不同的barcode就显得越来越必要。下面，我们来介绍三种加barcode的方法，供大家参考。

barcode的类型

1.PCR Primers with Symmetric (Reverse Complement) Barcodes

2.PCR Primers with Asymmetric Barcodes

3.Barcoded SMRTbell™ Adapters

三者如何选择呢?

Barcoded PCR primers vs. Barcoded Adapters

• 使用Barcoded PCR primer，加入barcode的效率更高，并且可以在建库的时候合并到一起;

• 使用Barcoded Adapter，需要加一个连接步骤，用于样品已经准备好的情况。

PCR Primers with Symmetric Barcodes

• 文库结构如下，两端的barcode是一样的序列

• 最多384个barcode

• 对于插入片段长度限制更灵活

PCR Primers with Asymmetric Barcodes

• 文库结构如下，两端的barcode是不一样的序列

• 最多可以是73536中barcode组合

• 对insert size长度有限制

使用PCR barcode的示意图

下面介绍一个使用两轮PCR来对文库进行扩增的方法。第一轮中，针对区域设计引物，对目标区域进行扩增，在第二轮中，针对通用引物序列，对扩增产物加上barcode。

结语

本文简单地介绍了加barcode基本原理，大家可以参考相关资料，深入了解吧。

参考资料

1.Procedure & Checklist - Preparing SMRTbell® Libraries using PacBio® Barcoded Universal Primers for Multiplexing Amplicons

2.Guidelines for Using PacBio® Barcodes for SMRT® Sequencing

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作者：童蒙

编辑：angelica